Aprovechando que he instalado el XAMPP, he estado probando la funcionalidad de NetBeans de conectar a bases de datos.

Para esto nos situamos en la pestaña Runtime de Netbeans, allí nos encontramos los servidores, bases de datos, webservices del proyecto y el catálogo de DTD's y schemas XML.

Desplegamos Databases y, al menos en mi caso, encontramos dos conexiones a Java DB (Derby) que viene embebido y Drivers que es donde debemos añadir el driver de Mysql u otro gestor de base de datos al que quisieramos conectar.

Pulsamos botón derecho sobre Drivers y New Driver, seguidamente buscamos el jar y lo añadimos, entonces ya nos sale dentro de nuestros Drivers.
Seleccionamos el driver de Mysql, pulsamos botón derecho y le damos a Connect Using..., ya sólo nos queda poner la típica cadena de la URL de la conexión jdbc, por ejemplo jdbc:mysql://localhost:3306/test, para la base de datos test que tengo en local, y el nombre de usuario y password de Mysql.

Y ya podemos conectar a la base de datos, donde podremos ver tablas, vistas y procedimientos almacenados además de, como no, ejecutar comandos SQL.