He encontrado en el blog de Asier Marqués, un post de cómo pasar de un video a un .flv con php y la librería ffmpeg-php, con un ejemplo de uso.

Los requisitos para usar esta librería son:

ffmpeg 0.49_prel o superior

php 4.3.0 o superior

gd 2.0 o superior

La vedad, si pudiera, me gustaría dedicarle algo de tiempo para trastearla, pero por ahora no va a poder ser.

Eso sí después de la ojeada al ejemplo y al API, parece bastante sencillo de usar.

También hay un pequeño listado de sitios que usan la librería, entre los que está vimeo, el más conocido sobre todo después del video del buen rollo en la oficina.